Grupul de Systems Biology of Aging aging.biochim.ro

Toren Dmitri, Ph.D.

Asistent de cercetare (Gerontologie)

Dmitri este bioinformatician la Instiutul de Biochimie si se focuseaza pe adnotare de date legate de biologia imbatranirii, analiza de seturi de date si analize de network. El este de asemenea candidat la doctorat in Stiinte Medicale din departamentul de Microbiologie, Imunologie si Genetica din cadrul Universitatii Negev. Teza sa de doctorat se axeaza pe determinanti mitocondriali ai longevitatii. Experienta lui Dmitri include lucrul in laborator si bioinfomatica, avand peste 8 ani de experienta in cercetarea imbatranirii.

Proiectul sau de master a constat in co-regularea transportului de mARN polar si durata de viata a drojdiei de bere S. cerevisiae. A participat de asemenea si in mai multe proiecte legate de imbatranire si longevitate: (1) Determinanti mitocondriali ai longevitatii mamiferelor; (2) Vindecarea ranilor de piele in urma operatiilor pe soareci de varste diferite si cu diferite fenotipuri de logevitate; (3) Adnotarea bazelor de date despre longevitate (GenAge, AnAge si MitoAge).

Totodata cu activitatile de cercetare ale lui Dmitri, el a participat si la diferite cursuri ca si asistent si lector, in cadrul carora a predat, supervizat si asistat la cursuri practice pentru studenti la master si doctorat din cadrul Universitatii Ben-Gurion din Negev si la Scoala pentru Inginerie Practica in Israel.
Specializari: longevitate, imbratranire, genetica mitocondriala, biologie moleculara, bioinformatica, genomica si transcriptomica, baze de date pentru studii comparative

Bunu Gabriela, Ph.D. student

Asistent de cercetare (Bioinformatician)

Gabriela este cercetator bioinformatician la Institutul de Biochimie si este responsabila pentru catalogarea datelor gerontologice, analiza datelor din experimente pe scara larga si elaborarea de analize bazate pe retele de gene. Gabriela are o formare educationala multidisciplinara, studiind in paralel pentru doua titluri B.Sc.: informatica la Universitatea Bucuresti si Farmacie in cadrul Universitatii de Medicina si Farmacie “Carol Davila”.

In acest moment, Gabriela urmeaza programul de rezidentiat in Farmacie (specialitatea Laborator Farmaceutic) si este interesata de farmaco-genomica si aplicatiile ei in domeniul gerontologiei. Pasiunea ei pentru studiul imbatranirii a inceput inca din anii de facultate, perioada in care a si studiat biomarkerii stresului oxidativ in hipertensiunea arterial, lucrand pe un lot de pacienti varstnici, ca parte a proiectului ei de diploma in colaborare cu Institutul National de Gerontologie si Geriatrie “Ana Aslan” din Bucharest.

Voinea Alexandra, Ph.D.

Asistent de cercetare (Bioinformatician)

Alexandra este cercetator bioinformatician la Institutul de Biochimie si este responsabila pentru dezvoltarea unor pipeline-uri de analiza a datelor pe scara larga, precum si cu dezvoltarea de unelte software pentru adnotarea automatizata a datelor si a seturilor de date. Alexandra este de asemenea doctorand la Universitatea Politehnica Bucuresti cu o teza bazata pe folosirea realitatii virtuale in invatare si sanatate.

Alexandra are o formare educationala multidisciplinara in stiinta calculatoarelor si inginerie medicala. A studiat informatica in cadrul Universitatii Bucuresti (B.Sc.) si i-a fost conferit titlul de de M.Sc. in inginerie medicala de catre Universitatea Politehnica Bucuresti.

Inainte de a devein cercetator in bioinformatica, a acumulat o experienta vasta ca dezvoltator software (>8 ani), fiind Technical Director la Electronics Arts inainte de a se alatura grupului nostrum. In paralel, Alexandra a avut activitate de cercetare biomedicala in domeniul Neuroimagisticii pentru pacienti cu Alzheimer si a cercetat solutii de rehabilitate neuro-motorie pentru pacientii cu accidente vasculare cerebrale.

Kulaga Anton Yurievich, M.Phil.

Asistent de cercetare (Bioinformatician)

Anton are o formare educationala in domeniul management-ului si economiei internationale (Kyiv National Economic University, 2003 - 2008, M.A. cu onoruri). Fiind pasionat de programare inca din timpul liceului, Anton a lucrat multi ani ca dezvoltator de software. Cu timpul insa, Anton a realizat ca ritmul in care cercetarea avanseaza pentru incetinirea imbatranirii este prea lent si a decis sa actioneze in aceasta privinta. A inceput prin a ajuta gerontology si prin a promova idei radicale despre extinderea duratei de viata si despre trans-humanism. In 2014, Anton a co-fondat grupul International Longevity Alliance, o organizatie care uneste fortele activistilor si grupurilor pro-longevitate din toata lumea. Ajungand la concluzia ca activismul nu este de ajuns de unul singur, in mod treptat, Anton a schimbat domeniul de activitate catre bioinformatica, participand la cursuri online si la proiecte de cercetare. In 2015-2016 Anton s-a alaturat Centrului de Cercetare Interdisciplinara (Paris, France), unde a inceput sa invete despre biologia computationala si despre biologia sintetica. In 2017 s-a alatura grupului de Computational Biology of Aging, la Institutul de Biochimie, pe un post de bioinformatician.

Domeniile de interes stiintific ale lui Anton includ biogerontologia, biologia sintetica mamaliana, bioinformatica, new institutional economics, si teoria complexitatii. In timpul liber, Anton merge pe role, citeste science fiction, ia parte la evenimente de activism pro-longevitate, dezvolta software open-source si participa la cursuri MOOCs despre diverse subiecte.

Publications:
* Kulaga, A.Y., Ursu, E., Toren, D., Tyshchenko, V., Guinea, R., Pushkova, M., Fraifeld, V.E. and Tacutu, R., 2021. Machine learning analysis of longevity-associated gene expression landscapes in mammals. International journal of molecular sciences, 22(3), p.1073.

Publicații:
* Toren, D., Kulaga, A., Jethva, M., Rubin, E., Snezhkina, A.V., Kudryavtseva, A.V., Nowicki, D., Tacutu, R., Moskalev, A.A. and Fraifeld, V.E., 2020. Gray whale transcriptome reveals longevity adaptations associated with DNA repair and ubiquitination. Aging cell, 19(7), p.e13158.
* Kudryashova, K.S., Burka, K., Kulaga, A.Y., Vorobyeva, N.S. and Kennedy, B.K., 2020. Aging Biomarkers: From Functional Tests to Multi‐Omics Approaches. Proteomics, 20(5-6), p.1900408.

Constantinescu Vlad, Ph.D. student

Asistent de cercetare / Inginer invatare automata

Vlad este inginer software senior (cu peste 12 ani de experienta) si a fost implicat in proiecte comerciale cu diferiti parteneri din EU, USA, Canada in care a avut roluri variate de proiectant, inginer/dezvoltator software si cercetator. A lucrat din 2009 in domeniul de dezvoltare automotive pentru Novero GmbH / Laird plc (prin TotalSoft SA) si a fost implicat in dezvoltarea sistemelor de Invatare Automata / Big Data incepand cu 2011 (cu precadere in domeniul automotive – logistica de flota, modelare sisteme complexe).

Din 2015, interesul lui Vlad fata de subiectele academice/de cercetare a crescut si a inceput sa se implice in cercetare aplicata in domeniul invatarii automate (AITIA One group), concentrandu-se pe sisteme complexe, invatare automata statistica/invatare de tip deep learning si pe aplicarea acestor concepte in domeniul medical si biologie. In 2017, Vlad s-a alaturat grupului de Computational Biology of Aging la Institutul de Biochimie.

Din punct de vedere academic, Vlad este interesat de invatarea automata statistica, cu accent pe teoria complexitatii/inteligentei emergente, abordata de metode de teoria probabilitatilor, teoria informatiei, stiinta calculatoarelor si mecanica statistica.

Matei Ioan Valentin, M.D., Ph.D.

Asistent de cercetare (Experimente laborator)

Ioan are expertiza in domeniile medicinei regenerative, terapiilor celulare, celulelor stem si cercetarii diabetologice. Si-a axat studiile pe diferentierea celulara pancreatica, incepand cu teza doctorala din cadrul Nippon Dental University Graduate School at Tokyo, unde a studiat diferentierea celulelor stem mezenchimale de origine dentara catre celule endocrine pancreatice, modeland mitigarea efectelor glucotoxicitatii in vitro asupra acestora, in calitate de recipient a Bursei MEXT a Guvernului Japonez. Ca cercetator postdoctoral, a lucrat in cadrul Centrului de Terapii Genice si Celulare in Tratamentul Cancerului OncoGen Timisoara, in cadrul colectivului de celule stem al proiectului CAR-NK sub coordonarea Prof. Virgil Paunescu si, ulterior, la Institutul de Cercetari Stiintifice Medicale Acad. N. Cajal al Universitatii Titu Maiorescu Bucuresti si Centrul de Excelenta in Medicina Translationala din cadrul Institutului Clinic Fundeni, studiind modularea transdiferentierii hepatopancreatice la diabetici in cadrul proiectului Dia-Cure, coordonat de Prof. Sarah Ferber de la Centrul Medical Sheba din Tel Hashomer, Israel si Sackler School of Medicine a Universitatii din Tel Aviv.

Ioan a devenit interest de studiul imbatranirii si de biologice sintetica, in prezent fiind membru al Grupului de Biologie Sistemica a Imbatrinirii, condus de Dr. Robi Tacutu, desfasurand sub coordonarea CPIII Dr. Simona Ghenea studiul utilizarii tehnologiei CRISPR de editare genica pentru a corobora modele de sinergism genic generate prin predictii bioinformatice pentru modularea longevitatii la Caenorhabditis elegans.

Ursu Eugen, M.D., Ph.D student

Asistent de cercetare (Bioinformatician)

Sarghie Larisa, Ph.D. student

Bioinformatician Junior

Larisa este absolventă a Facultății de Biologie, Universitatea din București, iar în prezent este masterandă a programului de studiu Genetică Aplicată și Biotehnologie în cadrul aceleiași facultăți. A urmat cursuri de Python și a ales să lucreze ca freelancer pentru a-și exersa skill-urile de programare dobândite. A aprofundat cunoștințe de genetică fundamentală și bioinformatică lucrând ca voluntar în laboratorul Drosophila al Universității din București. De asemenea, a lucrat ca biolog molecularist la Genetic Center București și ca voluntar în departamentul de Biologie Moleculară al Institutului Clinic Fundeni. În plus, aceasta deține certificat didactic și a predat biologie pentru o scurtă perioadă de timp.
Ca membră a Computational Biology of Aging Group, Larisa lucrează la extragerea datelor din literatură și analiza bioinformatică a datelor de <i>Drosophila</i>.

Chiru Costin, Ph.D.

Dr. Ing. Costin-Gabriel Chiru (200+ citări, h-index 8) este Conferențiar în cadrul Catedrei de Calculatoare a Facultăţii de Automatică și Calculatoare din Universitatea Politehnica București. În trecut, el a fost preparator universitar (2004-2006), asistent universitar (2006-2012) și șef lucrări universitar în cadrul Catedrei de Calculatoare a Facultăţii de Automatică și Calculatoare din Universitatea Politehnica București, iar în perioada 2005-2006 a lucrat ca cercetător în domeniul Prelucrării Limbajului Natural la Institutul „Human Language Technology Research Institute” Dallas, TX, USA. Teza sa de doctorat, cu numele „Influenţa repetiţiilor asupra discursului şi a analizei semantice”, a fost susținută în 2011 și a fost orientată pe utilizarea prelucrării limbajului natural în analiza discursului și a conversațiilor online. Cercetările sale au fost diseminate prin peste 60 de lucrări publicate în conferințe și jurnale naționale și internaționale, incluzând conferințe de vârf (CSCL, ITS, ICNIP, ICTAI) și jurnale galbene (Creativity Research Journal) și roșii (Computers in Human Behavior). De-a lungul timpului, domnul Chiru a fost implicat în numeroase proiecte de cercetare și inovare naționale și internaționale (FP7 LTfLL, FP7 ERRIC, Erasmus + QAinAL, CNCSIS K-Teams, CNCSIS Palirom, PNII Cyberwater, PNIII Text2NeuralQL). În prezent, Costin este interesat de proiecte care implică învățarea automată, prelucrarea limbajului natural și analiza seriilor de timp.

Ion Catalin

Dezvoltator front-end

Student in Stiintele Comunicarii, Catalin s-a alaturat grupului de Computational Biology of Aging pentru a da o forma placuta tuturor resurselor web dezvoltate de noi si interactiunilor pe care le avem cu utilizatorii nostri. Pe langa educatia formala in comunicare, inca din 2008, Catalin a fost auto didact in studiul programarii web, fiind acum un dezvoltator front-end cu experienta. Este pasionat de stiinta si tehnologie si mereu dornic sa invete lucruri noi.

Filipciuc Constantina

Manager de proiect

Fara ajutor managerial, proiectele noastre ar rezulta cu siguranta in esec, impotmolindu-se probabil la primul semn de birocratie. De cand Constantina (Tatiana pentru noi) s-a alaturat grupului de Computational Biology of Aging, echipa de implementare a putut sa se concentreze fara obstacole pe activitatile de cercetare-dezvoltare, fara a baga de seama ca proiectul are nevoie si de o parte administrativa. Inca din 2008, Tatiana a fost implicata cu succes in management-ul diferitelor proiecte stiintifice si are experienta atat cu grant-uri EU (FP7) cat si cu grant-uri nationale (POSCCE, POC). Aceasta experienta ne ajuta pe noi astazi ca sa putem implementa in conditii optime proiectele grupului.

Samukange Vimbai, Ph.D

Asistent de cercetare (Experimente laborator)

Bucaciuc Mracica Teodora, Bc.S

Teodora a absolvit in cadrul Universitatii din Cologne cu titlul de Bachelor of Science in Biologie. Pentru lucrarea de licenta, ea a studiat timp de 6 luni efectul serotoninei si al insulinei in formarea memoriei de scurta durata a organismului model Drosophila melanogaster. In timul facultatii a devenit interesata de bioinformatica si a urmat un curs axat aceasta materie in Universitate. Momentan, Teodora ocupa pozitia de junior bioinformatician in grup si este interesata de analize de network, programare si analize de date.

Craciun Iulian

Dezvoltator back-end

Avand o diploma B.Sc. in Electronica si Telecomunicatii acordata de Universitatea Politehnica Bucuresti si peste 10 ani de experienta in domeniul web-development, Iulian s-a alaturat grupului de Computational Biology of Aging pentru a ne ajuta sa dezvoltam uneltele web necesare pentru managementul seturilor de date si a pipeline-urilor de analiza dintr-o interfata eficienta, usor de utilizat. Inainte de a se alatura grupului, a folosit o varietate de limbaje de programare (de la C# si ASP la PHP si Python) si o serie de framework-uri web (Symphony, Wordpress, Magento, Django), dezvoltand in total peste 600 de website-uri pentru clienti din Romania si din Statele Unite.